一般说来，行政管理机构设置的程序主要有如下几个基本环节：
（1）提出行政管理机构设置的理由，并设计出初步方案
要设置行政管理机构，政府或政府的机构编制部门必须就此提出充分的评由。然后，在调查研究和广泛征求意见的基础上，就行政管理机构的设立或者变更、撤销或者合并提出具体的方案。
（2）对行政管理机构设置方案的评估和论证
对于政府或政府机构编制部门提出的行政管理机构设置方案必须组织专家与相关人员进行充分评估和论证，在充分听取各方意见之后，还要进行必要的修改，甚至有时还得推倒重来。重新制订新的方案后仍然需要论证，直至其科学性和合理性得到绝大多数评估与论证者肯定后，方可提交给相关立法机构或上级行政机构予以批准。
（3）对行政管理机构设置方案的批准
行政管理机构的设置方案提出并经评估、论证后，还必须提交有批准权的机关予以批准，这是一个必不可少的程序。一般说来，批准机关有立法机关和上级行政机关。
（4）对行政管理机构设置方案的落实与实施
在行政管理机构设置方案经立法机关通过或经上级政府批准后，就需要对方案进行组织实施。行政管理机构设置方案的实施，由中央政府和地方政府负责。