（1）评价角度不同
财务评价是从项目的财务角度考察项目的盈利状况、借款偿还能力，以确定投资行为的财务可行性。国民经济评价是从国家整体角度出发，考察项目对国民经济的贡献以及国民经济需要付出的代价，以确定投资行为的经济合理性。
（2）计算效益与费用所包括的项目不同
财务评价是根据项目的实际收支确定项目的效益与费用，补贴计为效益，税金和利息均计为费用。国民经济评价是着眼于项目对社会提供的有用产品和服务，以及项目所耗费的全社会有用资源，来考察项目的效益与费用，故补贴不计为项目的效益，税金和国内借款利息均不计为项目的费用。财务评价只计算项目直接发生的效益与费用，而国民经济评价对项目引起的间接效益与费用也要进行计算和分析。
（3）采用的价格不同
财务评价对投入物和产出物采用财务价格，财务价格是以现行价格体系为基础的预测价格。国民经济评价采用影子价格。
（4）采用的主要参数不同
财务评价采用官方汇率和行业基准收益率。国民经济评价采用国家统一测定的影子汇率和社会折现率。